Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) không chỉ là nghĩa vụ kê khai khi kết thúc năm tài chính mà còn là một trong những nội dung được cơ quan thuế kiểm tra kỹ trong quá trình thanh tra, quyết toán. Theo Thông tư 20/2026/TT-BTC, doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ thuế, chứng từ kế toán và các giao dịch phát sinh để hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

Trong thực tế, nhiều khoản truy thu thuế không xuất phát từ hành vi gian lận mà đến từ những sai sót nhỏ như thiếu hồ sơ chứng minh chi phí, ghi nhận doanh thu chưa đúng thời điểm hoặc chưa chuẩn bị đầy đủ tài liệu đối với các giao dịch với công ty mẹ và bên liên kết.

Doanh nghiệp FDI cần rà soát những nội dung nào theo Thông tư 20/2026/TT-BTC?

Thông tư 20/2026/TT-BTC đặt ra nhiều yêu cầu liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế TNDN. Việc rà soát sớm sẽ giúp doanh nghiệp phát hiện các điểm chưa phù hợp trước khi bước vào kỳ quyết toán thuế hoặc khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra.

1. Kiểm tra chi phí được trừ khi tính thuế TNDN

Chi phí được trừ luôn là nội dung được cơ quan thuế đặc biệt quan tâm. Để được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ chứng minh theo quy định.

Doanh nghiệp nên rà soát:

• Hóa đơn hợp pháp, hợp lệ.
• Hợp đồng kinh tế và phụ lục hợp đồng.
• Chứng từ thanh toán theo đúng quy định.
• Biên bản nghiệm thu, bàn giao công việc hoặc dịch vụ.
• Tài liệu chứng minh khoản chi phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh.

Trong quá trình làm việc với doanh nghiệp FDI, không ít trường hợp khoản chi thực tế có phát sinh nhưng hồ sơ chưa đầy đủ nên không đủ điều kiện được tính vào chi phí được trừ khi quyết toán thuế.

2. Rà soát giao dịch với công ty mẹ và bên liên kết

Đối với doanh nghiệp FDI, các khoản thanh toán cho công ty mẹ hoặc doanh nghiệp liên kết như phí quản lý, phí dịch vụ, hỗ trợ kỹ thuật, đào tạo, bản quyền hoặc tư vấn thường là nhóm giao dịch được kiểm tra kỹ.

Doanh nghiệp cần đối chiếu lại hợp đồng, phương pháp phân bổ chi phí, hồ sơ giải trình và tài liệu chứng minh giá trị dịch vụ thực tế nhằm đảm bảo tính hợp lý của các khoản chi này.

3. Đối chiếu doanh thu và thời điểm ghi nhận doanh thu

Doanh nghiệp nên rà soát lại thời điểm ghi nhận doanh thu đối với các hợp đồng dịch vụ, hợp đồng thực hiện trong nhiều kỳ, giao dịch xuyên biên giới hoặc các hợp đồng có yếu tố nước ngoài.

Việc ghi nhận doanh thu chưa đúng thời điểm có thể làm phát sinh chênh lệch giữa báo cáo tài chính, tờ khai thuế và hồ sơ kế toán, dẫn đến phải giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.

4. Kiểm tra hồ sơ ưu đãi thuế TNDN

Nhiều doanh nghiệp FDI đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo ngành nghề hoặc địa bàn đầu tư. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần thường xuyên rà soát lại điều kiện hưởng ưu đãi để đảm bảo vẫn đáp ứng đúng quy định.

Các nội dung cần kiểm tra gồm:

• Điều kiện hưởng ưu đãi theo giấy chứng nhận đầu tư.
• Thời gian miễn, giảm thuế còn hiệu lực.
• Ngành nghề và địa bàn được ưu đãi.
• Hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư.
• Sự thống nhất giữa hồ sơ đầu tư, kế toán và hồ sơ thuế.

Nên rà soát trước kỳ quyết toán thuế

Thực tế cho thấy, nhiều rủi ro về thuế TNDN không xuất phát từ một sai sót lớn mà là sự tích lũy của nhiều lỗi nhỏ trong quá trình vận hành doanh nghiệp. Hồ sơ thiếu chứng từ, giao dịch liên kết chưa đầy đủ tài liệu giải trình hoặc việc áp dụng ưu đãi thuế chưa đúng điều kiện đều có thể trở thành nguyên nhân dẫn đến truy thu và xử phạt.

Việc rà soát trước kỳ quyết toán giúp doanh nghiệp có thời gian bổ sung hồ sơ, đối chiếu số liệu và xử lý các vấn đề còn tồn tại trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.

Nexia Hải Phòng hỗ trợ doanh nghiệp FDI rà soát thuế TNDN

Đối với doanh nghiệp FDI, việc kiểm tra định kỳ hồ sơ thuế và kế toán không chỉ giúp tuân thủ quy định mà còn góp phần giảm thiểu rủi ro trong quá trình hoạt động và đầu tư lâu dài tại Việt Nam.

NEXIA HẢI PHÒNG hỗ trợ doanh nghiệp:

• Rà soát rủi ro thuế TNDN.
• Kiểm tra chi phí được trừ và chi phí không được trừ.
• Rà soát giao dịch với công ty mẹ và doanh nghiệp liên kết.
• Tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp nước ngoài.
• Kiểm tra hồ sơ ưu đãi thuế và hồ sơ quyết toán thuế.

Thông tư 20/2026/TT-BTC là cơ sở để doanh nghiệp FDI nhìn lại toàn bộ hồ sơ thuế TNDN trước kỳ quyết toán. Chủ động rà soát từ sớm sẽ giúp doanh nghiệp phát hiện các sai sót, hoàn thiện hồ sơ và giảm nguy cơ bị truy thu hoặc xử phạt khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.

Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế hoặc có nhiều giao dịch với công ty mẹ ở nước ngoài, việc chuẩn bị đầy đủ hồ sơ ngay từ đầu sẽ giúp quá trình quyết toán diễn ra thuận lợi và hạn chế phát sinh tranh chấp về thuế.