Hóa đơn điện tử đã được sử dụng phổ biến trong hoạt động mua bán hàng hóa và cung cấp dịch vụ. Tuy nhiên, không ít doanh nghiệp vẫn đang lưu hóa đơn theo cách khá đơn giản: tải bản PDF về máy tính, gửi qua email nội bộ hoặc để toàn bộ dữ liệu trên phần mềm của đơn vị cung cấp dịch vụ.

Cách làm này thuận tiện khi cần xem hoặc in hóa đơn, nhưng có thể chưa đáp ứng đầy đủ yêu cầu về bảo quản và lưu trữ dữ liệu điện tử. Theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP, doanh nghiệp cần bảo đảm hóa đơn được lưu trữ an toàn, bảo mật, đầy đủ, không bị thay đổi hoặc sai lệch và có thể tra cứu khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.

Vì vậy, vấn đề doanh nghiệp cần quan tâm không chỉ là “đã tải hóa đơn về hay chưa”, mà còn là dữ liệu được lưu ở định dạng nào, có còn nguyên vẹn hay không và có thể sử dụng lại sau nhiều năm hay không.

Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định thế nào về lưu hóa đơn điện tử?

Nghị định 254/2026/NĐ-CP yêu cầu việc bảo quản, lưu trữ hóa đơn và chứng từ phải bảo đảm tính an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ và không bị thay đổi hoặc sai lệch trong suốt thời gian lưu trữ.

Đối với hóa đơn điện tử, dữ liệu cần được bảo quản dưới dạng thông điệp dữ liệu. Doanh nghiệp được lựa chọn hình thức lưu trữ phù hợp với điều kiện hoạt động và hệ thống công nghệ đang sử dụng, nhưng phải bảo đảm hóa đơn có thể tra cứu hoặc in ra giấy khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu.

Chỉ lưu bản PDF của hóa đơn có đủ không?

Bản PDF giúp kế toán xem nội dung và in hóa đơn thuận tiện. Tuy nhiên, PDF thường chỉ là bản thể hiện trực quan của hóa đơn, không phải lúc nào cũng phản ánh đầy đủ cấu trúc dữ liệu điện tử được khởi tạo ban đầu.

Nghị định không quy định nguyên văn rằng mọi hóa đơn bắt buộc phải được lưu bằng một loại tệp cụ thể mang tên XML. Quy định đặt ra là hóa đơn điện tử phải được bảo quản dưới dạng thông điệp dữ liệu, bảo đảm toàn vẹn và có thể tra cứu khi cần.

Trong thực tế, file XML thường là tệp chứa dữ liệu điện tử gốc của hóa đơn. Vì vậy, doanh nghiệp nên lưu tệp dữ liệu gốc cùng với bản PDF để vừa bảo đảm khả năng kiểm tra dữ liệu, vừa thuận tiện cho việc xem, in và đối chiếu nội bộ.

Hóa đơn điện tử cần được lưu trong bao lâu?

Theo quy định của pháp luật kế toán, tài liệu kế toán phải được đưa vào lưu trữ trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm hoặc kết thúc công việc kế toán.

Nhiều người dễ hiểu nhầm rằng doanh nghiệp chỉ cần giữ hóa đơn trong 12 tháng. Trên thực tế, đây là thời hạn để doanh nghiệp hoàn tất việc tập hợp, phân loại và đưa tài liệu vào lưu trữ chính thức.

Đối với chứng từ kế toán được sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính, thời hạn lưu trữ tối thiểu là 10 năm, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.

Do hóa đơn mua vào và hóa đơn bán ra thường được sử dụng làm căn cứ hạch toán, xác định doanh thu, chi phí và lập báo cáo tài chính, phần lớn hóa đơn điện tử phát sinh trong hoạt động thông thường của doanh nghiệp sẽ thuộc nhóm tài liệu cần lưu ít nhất 10 năm.

Những rủi ro thường gặp khi lưu hóa đơn điện tử

1. Chỉ lưu hóa đơn trên máy tính của kế toán

Nếu toàn bộ dữ liệu chỉ nằm trên một máy tính, doanh nghiệp có thể mất hóa đơn khi ổ cứng hỏng, máy bị nhiễm mã độc hoặc nhân sự kế toán nghỉ việc mà chưa bàn giao đầy đủ.

2. Chỉ phụ thuộc vào phần mềm của nhà cung cấp

Việc hóa đơn đang được tra cứu trên phần mềm không có nghĩa doanh nghiệp có thể bỏ qua việc tự lưu dữ liệu. Khi thay đổi nhà cung cấp, hết thời hạn hợp đồng hoặc tài khoản bị khóa, quá trình truy xuất dữ liệu cũ có thể gặp khó khăn.

3. Lưu PDF nhưng thiếu tệp dữ liệu gốc

Bản PDF có thể vẫn đọc được nhưng không thay thế hoàn toàn dữ liệu điện tử gốc. Khi cần kiểm tra cấu trúc hóa đơn, chữ ký số hoặc đối chiếu thông tin điện tử, doanh nghiệp có thể không còn đủ dữ liệu để thực hiện.

4. Không phân loại hóa đơn theo kỳ kế toán

Hóa đơn được lưu rời rạc qua email, thư mục cá nhân hoặc nhiều máy tính khác nhau sẽ khiến việc tìm kiếm mất thời gian. Vấn đề này thường bộc lộ rõ khi doanh nghiệp quyết toán thuế hoặc phải tra cứu lại hồ sơ của nhiều năm trước.

5. Không kiểm tra khả năng mở và tra cứu dữ liệu

Có trường hợp doanh nghiệp vẫn giữ tên file nhưng dữ liệu đã lỗi, tệp không thể mở hoặc không còn phần mềm phù hợp để đọc. Nếu không kiểm tra định kỳ, doanh nghiệp chỉ phát hiện vấn đề khi hồ sơ đã cần sử dụng gấp.

Doanh nghiệp nên tổ chức lưu trữ hóa đơn như thế nào?

Không có một cách lưu trữ duy nhất áp dụng cho mọi doanh nghiệp. Tùy quy mô và hệ thống công nghệ, doanh nghiệp có thể lưu trên máy chủ nội bộ, hệ thống điện toán đám mây hoặc phần mềm quản lý dữ liệu chuyên dụng.

Dù lựa chọn hình thức nào, doanh nghiệp nên thực hiện tối thiểu các công việc sau:

• Lưu đầy đủ tệp dữ liệu điện tử gốc của hóa đơn.
• Có thể lưu kèm bản PDF để thuận tiện xem và in.
• Phân loại hóa đơn theo năm, tháng, loại hóa đơn hoặc đối tác.
• Đặt tên file thống nhất để dễ tìm kiếm và đối chiếu.
• Sao lưu dữ liệu tại ít nhất một vị trí độc lập.
• Phân quyền truy cập để bảo vệ thông tin của doanh nghiệp.
• Kiểm tra định kỳ khả năng mở, đọc và tra cứu dữ liệu.
• Có biên bản bàn giao dữ liệu khi thay đổi nhân sự kế toán.

Doanh nghiệp FDI cần lưu ý thêm điều gì?

Đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, hồ sơ hóa đơn thường liên quan đến nhiều nhóm giao dịch như mua bán trong nước, dịch vụ xuyên biên giới, giao dịch với công ty mẹ, bên liên kết hoặc nhà cung cấp nước ngoài.

Ngoài hóa đơn, doanh nghiệp cần lưu đồng bộ hợp đồng, chứng từ thanh toán, biên bản nghiệm thu, tài liệu giao nhận và hồ sơ giải trình liên quan. Nếu hóa đơn được lưu riêng nhưng thiếu các chứng từ đi kèm, doanh nghiệp vẫn có thể gặp khó khăn khi chứng minh tính hợp lý của chi phí hoặc giải trình giao dịch.

Doanh nghiệp FDI cũng nên thống nhất quy trình bàn giao dữ liệu giữa bộ phận kế toán tại Việt Nam, bộ phận tài chính của tập đoàn và đơn vị cung cấp dịch vụ bên ngoài để tránh thất lạc hồ sơ khi thay đổi nhân sự.

Doanh nghiệp nên rà soát cách lưu hóa đơn ngay từ bây giờ

Việc lưu trữ hóa đơn thường ít được chú ý khi dữ liệu vẫn đang được sử dụng hằng ngày. Rủi ro chỉ xuất hiện khi doanh nghiệp cần tra cứu hóa đơn cũ, thay đổi phần mềm, quyết toán thuế hoặc phát hiện dữ liệu không còn đầy đủ.

Thay vì chờ đến khi cơ quan thuế yêu cầu mới tìm lại hồ sơ, doanh nghiệp nên kiểm tra sớm cách lưu hóa đơn, khả năng truy xuất dữ liệu và quy trình sao lưu đang áp dụng. Việc rà soát không quá phức tạp nhưng có thể giúp doanh nghiệp tránh mất nhiều thời gian khi cần giải trình.

Nexia Hải Phòng hỗ trợ rà soát hóa đơn và hồ sơ thuế

Hóa đơn điện tử không chỉ là chứng từ giao dịch mà còn liên quan trực tiếp đến việc ghi nhận doanh thu, chi phí, kê khai thuế và lập báo cáo tài chính. Việc kiểm tra đồng bộ giữa hóa đơn và sổ sách sẽ giúp doanh nghiệp phát hiện sớm những điểm chưa phù hợp.

NEXIA HẢI PHÒNG hỗ trợ doanh nghiệp:

• Rà soát hồ sơ hóa đơn điện tử.
• Kiểm tra sự phù hợp giữa hóa đơn, sổ kế toán và tờ khai thuế.
• Đối chiếu số liệu thuế với báo cáo tài chính.
• Tư vấn xử lý hóa đơn có sai sót.
• Rà soát rủi ro thuế trước kỳ quyết toán.